Nie brał udziału w pracach nad dekretem ponieważ natychmiast po mowie o usprawiedliwieniu został wyznaczony przez kardynała Del Monte, razem z Salmerónem do opracowania listy błędów protestantów w dziedzinie sakramentów. Pierwszą część tej pracy przedstawił soborowi 17 stycznia 1547 kardynał Cervini (późniejszy papież Marceli II) dzieląc ją na trzy części "ogólnie o sakramentach", "chrzest" i "konfirmacja". Stanowiło to podstawy do dyskusji o sakramentach, która już nie wywołała tylu sporów co kwestia usprawiedliwienia. Siódma sesja soboru ogłosiła jego postanowienia w kwestii sakramentów, chrztu i konfirmacji 3 marca 1547.
Po siódmej sesji razem z soborem przeniósł się do Bolonii, gdzie kontynuował pracę nad sakramentami komunii świętej i pokuty. Zawiedziony powolnością prac opuścił Bolonię w czerwcu 1547. Czas pomiędzy pierwszym a drugim zjazdem soboru spędził we Florencji, Wenecji a później na Sycylii, wygłaszając kazania i pracując nad reformą zakonów i diecezji. Na Sycylii przyłączył się do zakończonego sukcesem rajdu Juana de Vagi na Trypolis, który wówczas był bazą piratów muzułmańskich. Wciąż był w Afryce kiedy 5 października 1550 został wezwany do Rzymu.