Przed drugą turą wyborów zaapelował o poparcie Lecha Kaczyńskiego.
Lata 2005–2007 Do Sejmu V kadencji został wybrany ponownie z okręgu koszalińskiego liczbą 33 535 głosów. 26 października 2005 powołano go na stanowisko wicemarszałka Sejmu dzięki poparciu Prawa i Sprawiedliwości, Ligi Polskich Rodzin, Polskiego Stronnictwa Ludowego oraz części posłów Sojuszu Lewicy Demokratycznej i niezrzeszonych. Funkcję tę pełnił do 9 maja 2006. thumb|Wicepremier Andrzej Lepper na targach rolniczych w Kielcach, 10 marca 2007 W lutym 2006 został wiceprzewodniczącym eurosceptycznego zrzeszenia partii EUDemocrats. 5 maja 2006 po wejściu Samoobrony RP do koalicji rządowej z Prawem i Sprawiedliwością i Ligą Polskich Rodzin, Andrzej Lepper został mianowany wicepremierem i ministrem rolnictwa i rozwoju wsi w rządzie Kazimierza Marcinkiewicza. 14 lipca 2006 objął tożsame stanowiska w rządzie Jarosława Kaczyńskiego.