21 września tego samego roku Jarosław Kaczyński zapowiedział jego dymisję, motywując to przedstawieniem nieuzgodnionej wcześniej, długiej listy żądań budżetowych (podwyżki dla służby zdrowia, nauczycieli, nauki, rent, emerytur, dopłaty do paliwa rolniczego, ubezpieczenia rolnicze, weterynarz w każdym powiecie) i nazywając takie zachowanie warcholstwem, na co Andrzej Lepper odpowiedział stwierdzeniem o jego chamstwie. 22 września prezydent Lech Kaczyński odwołał Andrzeja Leppera ze stanowisk rządowych. Jednak już 16 października 2006 ponownie powołał go na oba urzędy.
W lutym 2007 PO złożyła wniosek o wyrażenie przez Sejm wotum nieufności wobec Andrzeja Leppera, który został odrzucony głosami koalicji rządowej. 9 lipca tego samego roku Andrzej Lepper został odwołany z funkcji rządowych w związku ze śledztwem Centralnego Biura Antykorupcyjnego i zatrzymaniem m.in. Piotra Ryby w tzw. aferze gruntowej.