Został włączony do prac komisji przygotowującej nową wersję szkockich rytuałów. Bardzo duża wiedza i aktywność na tym polu otworzyły mu drogę do Rady Najwyższej i w 1857 r. otrzymał 33 stopień, a w dwa lata później wybrano go Suwerennym Wielkim Komandorem Południowej Jurysdykcji RSDiU dla USA, który to urząd piastował aż do swej śmierci. Nowe wersje rytuałów ukazały się w 1868 r. zyskując w szybkim czasie szeroką akceptację i wypierając stare wersje tekstów rytu szkockiego dawnego i uznanego. Oprócz tego w 1872 r. po raz pierwszy wydana została jego praca Morals and Dogma poświęcona studiom i przemyśleniom na temat symboliki poszczególnych stopni tego obrządku.
Albertowi Pike przypisywano opracowanie w latach 1859–1871 planu dla trzech wojen światowych, a także co najmniej dwóch wielkich rewolucji, po których miał zapanować „Nowy Porządek Świata”, wspomniany wcześniej przez założyciela bawarskiego zakonu Iluminatów, Adama Weishaupta.