Wkrótce jej kariera załamała się ze względu na kontuzje, głównie pleców. W 1998 grała tylko do wiosny, zaliczając zaledwie jeden ćwierćfinał turniejowy. Po rocznej przerwie wystąpiła we French Open, ale słaby występ i dalsze problemy zdrowotne sprawiły, że był to jej jedyny turniej w 1999. Ogłosiła zakończenie kariery sportowej, ale po pięcioletniej przerwie pojawiła się ponownie na kortach – wystąpiła w meczu Pucharu Federacji z Polską w kwietniu 2005 (w parze z młodszą o niemal czternaście lat Michelle Gerards pokonała Klaudię Jans i Alicję Rosolską). Do życia turniejowego powróciła w 2006, ale dwa pierwsze starty zakończyła na eliminacjach, a dwa kolejne – w turniejach, do których otrzymała specjalne zaproszenia ("dzikie karty") – na I rundzie.
Podobnie jak u innych czołowych zawodniczek występy deblowe Brendy Schultz pozostają nieco w cieniu gry pojedynczej, ale Holenderka ma na koncie i w deblu poważne sukcesy. Wygrała łącznie dziewięć deblowych turniejów, była w dziesięciu finałach. Wśród jej turniejowych triumfów są prestiżowe mistrzostwa Kanady, mistrzostwa Niemiec czy turniej w Indian Wells. W 1995 w parze z Australijką Rennae Stubbs była w finale wielkoszlemowego US Open. W 1996 wygrała pięć turniejów deblowych. W 1995 została sklasyfikowana jako 7. deblistka świata i wystąpiła w deblowym Masters.