W drugim przypadku stan mistyczny to szczególny stan umysłu (często używa się terminu „zmieniony stan świadomości”), a jego forma i treść są wyjaśniane w sposób naturalistyczny.
Tajemnicze źródło wiedzy mistycznej sygnalizuje już grecki źródłosłów: μυστικός (mystikos). W języku angielskim do rodziny tego słowa należą np. mist (mgła) i misty (mglisty), co sugeruje tajemniczość, przyczyniając się do traktowania tej wiedzy jako nadzwyczajnej, intrygującej, a czasem podejrzanej.
Mistycyzm a religia Możliwość istnienia rzeczywistości niedostępnej percepcyjnie implikuje fakt istnienia przekonań o jej istnieniu co najmniej w większości religii. Z tego powodu opisy doświadczeń mistycznych różnią się. Np. judaizm kabalistyczny pojmuje je jako emanację Boskiej Światłości Ein Sof w formie sefir, hinduizm postuluje konieczność mistycznego oderwania się od świata doświadczanego jako iluzji, zaś buddyzm traktuje mistycyzm jako jedyną drogę do prawdy (oświecenie w buddyzmie zen to postrzeganie rzeczywistości takiej jaka jest), mistycyzm w taoizmie jest drogą o paradoksalnej formie (Dao to droga do Dao).