Jako cesarzowa-władczyni 18 lutego 642 r., cztery miesiące po śmierci Jomei, 48-letnia Takara została intronizowana na cesarzową-władczynię, stając się drugą w historii (po Suiko) kobietą na japońskim tronie. Przyjęła cesarskie imię Kōgyoku (jap. 皇極).
Kōgyoku rządziła przez trzy lata. Rzeczywistą władzę sprawował jednak ród Soga z jego głową, Soga-no-Iruka, na czele. Nie podobało się to wielu osobom, w tym synowi cesarzowej, księciu Naka-no-Ōe. Planował on zamach stanu. 12 lipca 645 r., kiedy cesarzowa siedziała na tronie, Naka-no-Ōe rozmawiał z Soga-no-Iruka naprzeciw niego tak, że cesarzowa widziała wszystko. Nagle Naka-no-Ōe wyjął nóż i brutalnie zamordował swego rozmówcę. Przerażona tym 51-letnia Kōgyoku abdykowała jeszcze tego samego dnia. Według prawa ustalonego wcześniej przez Soga-no-Iruka, tron objął po niej jej brat, cesarz Kōtoku.
Po ponownym objęciu tronu 24 listopada 654 r. po dziewięciu latach rządów zmarł Kōtoku. Według wspomnianej wcześniej kolejności do tronu, cesarzem miał zostać Naka-no-Ōe. Zrzekł się on jednak tronu na rzecz matki, która została intronizowana ponownie i przyjęła imię Saimei (jap. 斉明). Ustalono jednak, że Naka-no-Ōe będzie "pomagał" (częściowo rządził) cesarzowej.