W piątym roku jej drugich rządów, w 660 r. koreańskie królestwo Silla spustoszyło królestwo Baekje, z którym od lat Japonia handlowała i utrzymywała dobre stosunki. Saimei z powodu honoru (Baekje zawsze wspierało Japonię) zdecydowała pomóc temu królestwu. Na przełomie lat 660 i 661 ze swym synem, Naka-no-Ōe oraz z marynarką i armią japońską w wieku 67 lat przepłynęła Morze Wewnętrzne ze wschodu na zachód. Zatrzymała się w tymczasowym pałacu Ishiya w prefekturze Iyo. W maju 661 r. przybyła do pałacu Asakura w prowincji Tsukushi (dziś część prefektury Fukuoka). Zostały tam połączone wojska Baekje i Japonii i rozpoczęła się wojna przeciwko królestwu Silla.
Jednakże, 24 sierpnia 661 r. Saimei zmarła. Był to dzień, w którym sprzymierzona armia japońsko-koreańska miała wypłynąć do Korei. Jej syn, Naka-no-Ōe przysiągł, że nie będzie intronizowany na kolejnego cesarza, dopóki nie rozstrzygnie się wojna przeciwko Silla. Ciało Saimei zostało przewiezione Morzem Wewnętrznym do ówczesnej stolicy Japonii, gdzie na początku listopada 661 r. Saimei została pochowana.
Wojna z Silla trwała w latach 661–663. Po jej zakończeniu do Japonii powrócił Naka-no-Ōe, który został intronizowany na 38.