przywrócił w Toruniu procesje Bożego Ciała. Jako subdelegat papieski nadzorował reformę benedyktynek, podjętą w klasztorze chełmińskim przez energiczną ksienię Magdalenę Mortęską i w 1606 r. zatwierdził ich nową regułę. Brał czynny udział w obradach sejmiku pruskiego oraz uczestniczył w synodzie prowincjalnym w Piotrkowie w 1607 r.
Biskup kujawski W 1610 został biskupem kujawskim, wbrew prawu, ale za zgodą króla i sejmu zatrzymując otrzymane wcześniej kanclerstwo. Jako biskup kujawski zdecydowanie występował przeciw luteranom w Gdańsku i przywrócił w tym mieście katolicką organizację kościelną. Osadził jezuitów w Starych Szkotach pod Gdańskiem, wprowadził nowy podział archidiakonatu pomorskiego, a w 1612 odbył synod diecezjalny we Włocławku.
Prymas i arcybiskup gnieźnieński 12 października 1615 został desygnowany przez króla na arcybiskupa gnieźnieńskiego i prymasa Polski, uzyskując 8 maja 1616 prowizje papieską. Jako metropolita dał się poznać jako świetny gospodarz, odbudowując zrujnowaną ekonomię archidiecezji. Przeprowadzał liczne fundacje, odrestaurował katedrę gnieźnieńską i liczne kościoły. Wykazał troskę o bibliotekę kapitulną i seminarium. Dbał o rezydencję prymasowską w Łowiczu, ale obdarował też hojnie zakon bernardynów.