istotą był spór o niezależność Kościoła od władz świeckich, o jego demokratyzację i zniesienie hierarchii kościelnej. Było to piętno, jakie odcisnęły na społeczeństwie tzw. wojny biskupie z lat 1639 i 1640. Oprócz tego parlamentarzyści zastanawiali się nad sposobem pozbycia się armii i jej głównych przywódców (przede wszystkim Cromwella), którzy spełnili już swe zadanie i stali się niewygodni. Zwycięstwo w tych sporach zdobył bardziej umiarkowany odłam purytanów – prezbiterianie, którzy zażądali złożenia przez oficerów ich wyznania wiary. Między innymi w następstwie działań parlamentu oraz prób jego ugody z pokonanym, lecz nadal prowadzącym intrygi monarchą, Cromwell 6 września 1647 roku zajął Londyn.
Cromwell uważał, że machina rewolucji za bardzo się rozpędziła, pociągnęła za sobą zmiany społeczne, gospodarcze, ustrojowe, religijne i nie można już było jej zatrzymać poprzez próbę przywrócenia starego porządku. Do tego jednak usilnie dążył parlament, wciąż częściowo wspierając Stuarta. Po zorientowaniu się w intrygach króla (którego Cromwell do końca 1648 r. wciąż poważał, szanował, a nawet chronił) oraz nie mogąc znieść uporu przedstawicielstwa stanowego, Cromwell 6 grudnia 1648 roku zmniejszył liczebność parlamentu z około 193 do posłusznych mu 50 osób poprzez usunięcie reprezentacji prezbiterian.