Później, za panowania Henryka III, Ornano wyrobił nadanie obywatelstwa i potwierdzenie szlachectwa dla wszystkich swych towarzyszy z emigracji z Korsyki, i poprzez wstawiennictwo króla zmusił republikę Genui do zwrotu swych włości na Korsyce i wypłacanie należnych z nich dochodów oraz do wypuszczenia z więzienia trzymanych tam jeszcze insurgentów.

W czasie wojen religijnych we Francji między Ligą Katolicką a hugenotami pełnił funkcję gubernatora twierdzy Pont-Saint-Esprit i zdobył sobie, pozostając przez cały czas wierny Walezjuszom, reputację człowieka prawego i uczciwego, co mu zdobyło poważanie obu walczących stron. Kierując walkami po stronie królewskiej, odniósł 10 sierpnia 1587 zwycięstwo nad 4000 Szwajcarami, którzy przybyli na pomoc hugenotom, za co został mianowany członkiem Rady Państwa i gubernatorem prowincji Delfinat.

Był jednym z pierwszych, którzy uznali sukcesję króla Nawarry Henryka IV do tronu Francji.