Kuria rzymska sceptycznie podchodziła do jego działalności i w 1948 nie otrzymał zezwolenia na uczestnictwo w spotkaniu ekumenicznym w Amsterdamie, gdzie m.in. powołano Światową Radę Kościołów. Kwestionował potrydencką wizję Kościoła opartego na systemie piramidalnym, hierarchicznym i jurydycznym. W 1954 (po podróży do Aten, Stambułu, Bejrutu, Kairu i Aleksandrii z okazji 900-lecia schizmy wschodniej) otrzymał zakaz wykładów i publikacji pod swoim nazwiskiem, a także zakaz przebywania w Paryżu. W latach 1954–1956 mieszkał w Jerozolimie, a potem w Skandynawii i Cambridge, by osiąść w Strasburgu. W latach 1956–1968 był profesorem uniwersytetu w Strasburgu, następnie Instytutu Katolickiego w Paryżu.
Był zwolennikiem ekumenizmu oraz koncepcji Kościoła jako Ludu Bożego. Podejmował działania na rzecz zwiększenia roli ludzi świeckich w Kościele katolickim. Interesowały go tematy z zakresu eklezjologii: pisał o episkopacie i prezbiteriacie, powołaniu świeckich, urzędach, relacjach między tradycją kościelną a Biblią, historycznej ewolucji poglądów eklezjologicznych. Brał udział w Soborze watykańskim II jako ekspert. Był członkiem Międzynarodowej Komisji Teologicznej.