Relacje między siostrami pozostały chłodne do końca.
Kiedy Wilhelm przebywał za granicą rządziła Maria, kiedy Wilhelm był w Anglii, na nim spoczywał ciężar rządów. Maria cały czas zachowywała jednak pieczę nad sprawami kościelnymi. Zmarła na ospę prawdziwą 28 grudnia 1694 r. w pałacu Kensington. Została pochowana w opactwie westminsterskim. Wilhelm powiedział później, że po śmierci żony z najszczęśliwszego człowieka stał się najżałośniejszym stworzeniem na ziemi.
Po śmierci Marii jej mąż pozostał królem Anglii, a po jego śmierci w 1702 roku tron objęła jej siostra Anna, ostatnia przedstawicielka Stuartów na angielskim tronie.
Z okazji jej śmierci kompozytor Henry Purcell skomponował The Music for the Funeral of Queen MaryMuzyka na uroczystości żałobne Purcella składa się z tzw. Funeral sentences skomponowanych wcześniej: Man that is born, Z.27 (ok. 1680-1682), In the midst of life, Z.17 (przed 1682) oraz Thou knowest, Lord, the secrets of our Hearts, Z.58B oraz nieukończona wersja Thou knowest, Lord, the secrets of our Hearts Z.58C. Pomiędzy ustępami wokalnymi występuje Canzona, Z.860, całość poprzedza Marsz, Z.860 (na niektórych nagraniach wykonywany również na końcu). Kompozycja została wykonana w 1695 roku. Robert King – Henry Purcell, Thames and Hudson, Londyn 1994, s. 239-249.. Utwór ten został w 1971 r.