Królowa Anglii i Szkocji thumb|250px|Królowa Maria II W grudniu 1689 r. Parlament uchwalił Bill of Rights, jeden z najważniejszych aktów prawnych w dziejach parlamentaryzmu. Anglia stała się wówczas monarchią parlamentarną. Bez zgody obu Izb nie można było ustanawiać nowych praw i uchwalać nowych podatków. Anglikanizm stał się religią panującą, a katolicy zostali wykluczeni z linii sukcesji do tronu oraz pozbawieni prawa do piastowania funkcji publicznych. Sformułowano postulat częstego zwoływania Parlamentu, którego obrady miały być jawne i niczym nie skrępowane.
Przez kolejne lata Maria i Wilhelm rządzili wspólnie. Wilhelm był często nieobecny, gdyż uczestniczył w różnych kampaniach wojennych (przeciwko jakobitom w Irlandii w latach 1690-1691, później na kontynencie przeciwko Ludwikowi XIV). Maria zajmowała się sprawami wewnętrznymi państwa. Za plan restauracji Jakuba II kazała aresztować swojego wuja, lorda Clarendona. W 1692 r. pozbawiła stanowisk i uwięziła pod podobnymi zarzutami lorda Marlborough. Dymisja tego drugiego pogorszyła notowania Marii w społeczeństwie oraz popsuła relację z siostrą Anną, która była pod przemożnym wpływem żony Marlborougha, Sarah Churchill. Kiedy Anna i Sarah przybyły na dwór wstawić się za uwięzionym, Maria kazała je usunąć. Odmówiła również odwiedzenia siostry, kiedy ta była w ciąży.