1 grudnia przybyły do Northampton, gdzie Anna uczestniczyła w zwołanej przez Wilhelma Tajnej Radzie. Następnie udała się do Oksfordu i tam spotkała z mężem. 19 grudnia wróciła do Londynu, gdzie wizytę złożył jej Wilhelm Orański.
W 1689 r. Parlament uznał, że Jakub, podejmując próbę ucieczki, de facto abdykował i poprosił o przyjęcie korony Wilhelma i Marię. Uchwalił również Bill of Rights, gdzie precyzował zasady następstwa tronu. Po Wilhelmie i Marii miały rządzić ich dzieci. W wypadku ich braku tron miał przypaść Annie i jej potomstwu. Następni w kolejce byli potomkowie Wilhelma z innych małżeństw.
Wilhelm i Maria lewo|mały|Siostra Anny, Maria Niedługo po objęciu rządów Wilhelm i Maria podnieśli Johna Churchilla do godności hrabiego Marlborough. Wkrótce jednak doszło do zerwania między Marlboroughami a dworem, kiedy w 1692 r. Maria II oskarżyła hrabiego o popieranie jakobitów (stronników wygnanego Jakuba II) i pozbawiła go wszystkich godności. Marlborough został również usunięty z dworu. Sprawa ta przyczyniła się do zerwania między Marią a Anną, gdyż Anna wstawiła się u siostry za mężem swojej przyjaciółki, ale spotkała ze stanowczą odmową. Opuściła wówczas dwór królewski i zamieszkała w Syon House, rezydencji księcia Northumberland.