Wkrótce została pozbawiona wszelkich godności, a straże pałacowe otrzymały zakaz salutowania jej mężowi.
Kiedy Maria zmarła w 1694 r. na ospę prawdziwą, Wilhelm III kontynuował samodzielne rządy. Chcąc poprawić swoje notowania w społeczeństwie, przywrócił on Annie wszystkie utracone tytuły i pozwolił jej mieszkać w St. James’s Palace. Trzymał ją jednak z dala od polityki, konsekwentnie odmawiając nadania jej tytułu regenta podczas swojej nieobecności. W 1695 r. na prośbę Anny przywrócił wszystkie godności hrabiemu Marlborough. W podzięce Anna wspierała politykę Wilhelma, mimo iż w 1696 r. doszło do pogorszenia stosunków Anny ze szwagrem, kiedy księżna uwierzyła pogłoskom, że Wilhelm dąży do ugody z Jakubem II, mającej polegać na uznaniu Wilhelma za króla, w zamian za co Wilhelm miał swoim następcą wyznaczyć syna Jakuba II.