W takim przypadku należy wdrożyć odpowiednie postępowanie ratunkowe. Nie należy podawać amoksycyliny pacjentom z mononukleozą zakaźną, białaczką limfatyczną lub zakażeniami wirusowymi, gdyż bardzo często występuje osutka plamista. Należy stosować ostrożnie u pacjentów z astmą i skłonnością do uczuleń. Podobnie jak w przypadku innych antybiotyków z grupy penicylin o szerokim zakresie działania przeciwbakteryjnego, istnieje możliwość nadkażenia drobnoustrojami niewrażliwymi na amoksycylinę. W przypadku wystąpienia biegunki, zwłaszcza ciężkiej, należy rozważyć możliwość wystąpienia rzekomobłoniastego zapalenia jelita grubego i w razie potwierdzenia takiego rozpoznania odstawić lek. U chorych z niewydolnością nerek należy zachować ostrożność i zmodyfikować dawkowanie. Pacjentom, którzy mają być leczeni na rzeżączkę i u których podejrzewa się zakażenie kiłą, należy zlecić odpowiednie badania w celu potwierdzenia zakażenia krętkami. Szczególnie ostrożnie należy stosować u wcześniaków, noworodków i dzieci – należy kontrolować czynność nerek, wątroby oraz parametry hematologiczne. U kobiet w ciąży i w okresie karmienia piersią można stosować amoksycylinę, gdy jest to zdecydowanie konieczne. Niewielka ilość amoksycyliny przenika do mleka matki.