Ryzyko wpływu na dziecko jest znikome, z wyjątkiem możliwości działania uczulającego. Duże stężenia amoksycyliny w moczu może powodować jej wytrącanie w cewnikach moczowych, natomiast duże dawki leku mogą powodować wytrącanie się kryształków amoksycyliny w moczu – w obydwu przypadkach pacjentowi należy podawać odpowiednią ilość płynów i utrzymywać właściwą diurezę. Jeden z preparatów dostępnych w Polsce zawiera barwnik azowy – karmoizynę, który może wywoływać reakcje alergiczne. Ostrożnie stosować u pacjentów z chorobami przewodu pokarmowego ze względu na ryzyko zmniejszonego wchłaniania leku. W takich przypadkach zaleca się podawanie amoksycyliny pozajelitowo. Niektóre preparaty w postaci proszku do sporządzania zawiesiny doustnej, dostępne w Polsce zawierają aspartam, dlatego należy je stosować ostrożnie u pacjentów z fenyloketonurią. Część produktów leczniczych, dostępnych w Polsce, z kwasem klawulanowym zawierają sód lub potas. Należy wziąć to pod uwagę u pacjentów na diecie z kontrolowaną zawartością sodu lub potasu.