Zaburzenia przewodu pokarmowego: biegunka, nudności, wzdęcia, utrata apetytu, luźne stolce, niestrawność świąd odbytu suchość błony śluzowej jamy ustnej zaburzenia smaku umiarkowane i przemijające zwiększenie aktywności enzymów wątrobowych, zapalenie wątroby, żółtaczka zastoinowa rzekomobłoniaste zapalenie okrężnicy, krwotoczne zapalenie okrężnicy powierzchowne przebarwienie zębów. Reakcje alergiczne: wysypka, osutka, pokrzywka rumień wielopostaciowy wstrząs anafilaktyczny zespół Stevensa-Johnsona martwica toksyczno-rozpływna naskórka obrzęk krtani choroba posurowicza pęcherzowe i złuszczające zapalenie skóry gorączka polekowa. Zaburzenia układu krwiotwórczego: agranulocytoza niedokrwistość hemolityczna trombocytopenia eozynofilia. Zaburzenia OUN: zawroty i bóle głowy hiperkineza drgawki. Zaburzenia nerek i dróg moczowych: śródmiąższowe zapalenie nerek krystaluria.
Przedłużone i wielokrotne stosowanie amoksycyliny może powodować nadkażenia i kolonizację opornymi drobnoustrojami lub drożdżami wywołującymi kandydozę błony śluzowej jamy ustnej i pochwy.
Dawkowanie Dawkowanie amoksycyliny zależy od wieku, masy ciała, czynności nerek pacjenta, ciężkości i lokalizacji zakażenia oraz od przypuszczalnego lub potwierdzonego patogenu.