Interakcje Leki spowalniające filtrację nerkową penicylin (np. probenecyd, fenylbutazon, oksyfenbutazon, indometacyna, sulfinpirazon oraz w mniejszym stopniu kwas acetylosalicylowy) przedłużają okres półtrwania i zwiększają stężenie amoksycyliny w osoczu. Jednoczesne stosowanie amoksycyliny i doustnych środków antykoncepcyjnych może zwiększać częstość występowania krwawień międzymiesiączkowych i osłabiać skuteczność antykoncepcji. Duże dawki tego antybiotyku mogą nasilać działanie doustnych leków przeciwzakrzepowych z grupy kumaryny np. warfaryny lub disulfiramu. Podczas leczenia amoksycyliną możliwe jest zwiększenie wchłaniania digoksyny. Nieenzymatyczne metody oznaczania stężenia glukozy w moczu mogą dawać wyniki fałszywie dodatnie. Leczenie może także wpływać na wyniki testów na zawartość urobilinogenu oraz zaburzać oznaczanie białka metodą kolorymetryczną.
Działania niepożądane W całości działania niepożądane były rejestrowane u 13% pacjentów.