ruficollis capensis (Salvadori, 1884) – Afryka na południe od Sahary, Madagaskar i Komory T. ruficollis poggei (Reichenow, 1902) – Azja północno-wschodnia po południowo-wschodnią, w tym Wyspy Kurylskie, Japonia, Riukiu, Tajwan i Hajnan T. ruficollis philippensis (Bonnaterre, 1790) – Filipiny (oprócz Mindanao) T. ruficollis cotabato (Rand, 1948) – Mindanao T. ruficollis vulcanorum (Rensch, 1929) – od Jawy na wschód po Wyspy Tanimbar T. ruficollis tricolor (G.R. Gray, 1861) – perkozek trójbarwny – od Celebesu po północną Nową Gwineę i Małe Wyspy Sundajskie T. ruficollis collaris (Mayr, 1945) – północno-wschodnia Nowa Gwinea po Wyspę Bougainville’a Międzynarodowy Komitet Ornitologiczny wydziela podgatunki tricolor, collaris i vulcanorum do osobnego gatunku Tachybaptus tricolor. Autorzy Handbook of the Birds of the World synonimizują takson vulcanorum z tricolor.
Perkozek jest blisko spokrewniony z perkozkiem australijskim (T. novaehollandiae) i wymarłym perkozkiem długodziobym (T. rufolavatus), które dawniej były uznawane za jego podgatunki.