Trujillo jako takie jest jednym z pierwszych miast w Amerykach założonych przez hiszpańskich Konkwistadorów, było to około 1534r. przy znacznej roli odegranej przez Diego de Almagro. W roku 1537 cesarz i król Hiszpanii w jednej osobie - Karol V Habsburg nadał miastu Trujillo herb miejski. W roku 1577 dekretem papieża utworzono Diecezję Trujillo, a w 1616 rozpoczęto wznosić katedrę. Rozwój miasta spowolnił po ataku trzęsienia ziemi w 1619. Zagrożeniem dla miasta okazała się nie tylko sejsmika, ale też groźne łupieżcze napady piratów i korsarzy a nawet obcych wojsk jak np. w 1624 roku w splądrowanym przez Holendrów porcie Guayaquil, w takich okolicznościach za rządów burmistrzów Bartolome Martineza oraz Fernando Ramireza Jarabeitia Orellany, w roku 1687 postanowiono wznieść obronne fortyfikacje. Zadania tego podjął się włoski budowniczy Giuseppe Formento a swoje projekta oparł na florenckich wzorcach. Skończony w 1690 r. mur składał się z 15 bastionów i 5 bram.
U schyłku wieku XVIII miasto zaludniało dość znacząca liczba około 10 tysięcy mieszkańców i to pomimo stulecia pełnego susz.