W roku 1820 miasto ogłosiło swoją niepodległość od Królestwa Hiszpanii i w tamtym okresie pierwszej połowy XIX stulecia prężnie się rozwijało w związku z przerobem trzciny cukrowej. Rząd młodej Republiki Peru zastosował w ekonomii politykę "otwartych drzwi" dla inwestorów co zaskutkowało dla Trujillo napływem licznych Niemców i Brytyjczyków. Miasto weszło w fazę rozwoju, osiągając 15 tys. zaludniania i wychodząc poza mur obronny. W okresie wojny z Chile Trujillo było okupowane a nawet splądrowane przez Chilijczyków.
W wieku XX miasto stało się miejscem społecznego napięcia w roku 1932 - tzw. Rewolucja Trujillo, a także wzmożonego rozwoju terytorialnego i ludnościowego - powstał wspólny obszar miejski - Trujillo Metropolitano
Współczesność W mieście rozwinięty jest przemysł spożywczy, włókienniczy, skórzany, chemiczny oraz maszynowy. Jedną z głównych osi gospodarki Trujillo jest projekt rolno-przemysłowy Chavimochic, uważany za jeden z największych tego typu w tym sektorze na świecie. Projekt ten powstaje w ramach partnerstwa publiczno-prywatnego i znajduje się obecnie w trzecim etapie rozbudowy. Chavimochic stanowi ważne źródło miejsc pracy dla miasta i znaczną część jego eksportu. Głównymi produktami eksportowymi są szparagi i karczochy, które trafiają na rynki Europy (głównie Hiszpania) i Ameryki Północnej.