Okoliczności śmierci 20 lutego 1946 biskup Padewski ponownie wrócił do kraju, wpłynęło to znacznie na zaktywizowanie działalności duszpasterskiej polskonarodowego duchowieństwa. W niedługim czasie po II wojnie światowej został oskarżony o nielegalny obrót obcą walutą. Był to jednak tylko pretekst, bo za jego aresztowaniem krył się wątek polityczny. Jednemu z księży udało się zbiec z okupowanej przez sowieckich komunistów Polski i wyjechać do USA, a następnie zostać księdzem PNKK. Był to ks. Tomasz Kołakowski. On też ujawnił w USA zbrodnie katyńskie dokonane na Polakach, dlatego też PNKK był uważany przez władze komunistyczne PRL za narzędzie „amerykańskiego imperializmu”. Bp Józef Padewski został zdradzony przez współbraci w kapłaństwie (którzy dla awansu w hierarchii kościelnej poszli na układ z komunistami) i aresztowany 17 stycznia 1951. Przebywał w więzieniu politycznym na Rakowieckiej w Warszawie, gdzie 10 maja 1951 został zakatowany na śmierć przez funkcjonariuszy UB.