Po turnieju US Open Holender awansował po raz pierwszy w karierze do czołowej dwudziestki rankingu i utrzymał tę pozycję do końca sezonu, dochodząc jeszcze do finału turnieju w Moskwie.
W sezonie 2003 po raz pierwszy w karierze Schalken wygrał w jednym roku dwa turnieje (w ’s-Hertogenbosch ponownie pokonał w finale Clémenta, w Costa Do Sauipe Schüttlera), był także w dwóch ćwierćfinałach wielkoszlemowych (na Wimbledonie 2003 pokonał m.in. Schüttlera (wówczas nr 5. ATP), przegrał z Federerem, w US Open 2002 ponownie pokonał Schüttlera, a uległ Roddickowi). W kwietniu 2003 osiągnął najwyższą pozycję w rankingu – nr 11.
Po sezonie 2003 Schalken częściej zmagał się z kontuzjami. Doszedł do ćwierćfinału Wimbledonu 2004 (trzeci z rzędu na tych kortach). W sezonie 2004 wypadł z czołowej pięćdziesiątki rankingu ATP, a w 2005 z setki rankingu. Kontynuował jednak starty w 2006, również w zawodach z serii ATP Challenger Tour.