Od 2003 jest stałym gościem piątkowych poranków w radiu Tok FM, w którym komentuje bieżące wydarzenia z Polski i ze świata.thumb|upright|Tomasz Lis (2007) 1 września 2004 został członkiem zarządu i dyrektorem programowym telewizji Polsat i szefem jedynego programu informacyjnego stacji, Wydarzeń. Choć podczas głównego wydania Wydarzeń Lis nie był – jak w Faktach – już prowadzącym, to w formule programu zarezerwowano mu czas jako codziennego komentatora Wydarzeń. Ponadto od 30 września 2004 prowadził cotygodniowy magazyn publicystyczny Co z tą Polską?. W czerwcu i lipcu 2006 wraz z Przemysławem Pełką komentował przebieg inauguracji Mistrzostw Świata w Piłce Nożnej w Niemczech. 19 września 2007 został odsunięty od kierowania Wydarzeniami przez prezesa Polsatu Zygmunta Solorza-Żaka, a dzień później odszedł ze stacji. Według wielu spekulacji odejście Lisa poprzedziły naciski polityczne wywierane przez nowo powołany rząd Prawa i Sprawiedliwości. Konflikt z rządem miał być nie na rękę właścicielowi Polsatu szykującemu się do przejęcia w części państwowego telekomu Plus oraz inwestycji przedsiębiorcy w sektorze energetycznym. Lis odniósł się do sytuacji w wywiadzie radiowym dla Janiny Paradowskiej w Tok FM z 21 września 2007, potwierdzając, że w związku z jego pracą w Polsacie stacja podlegała zakulisowym „brutalnym atakom”.