Odsunięcie Lisa głośno krytykowało m.in. Stowarzyszenie Dziennikarzy Rzeczypospolitej Polskiej, według którego było ono wymuszone na władzach Polsatu przez „rządzących”. Z kolei Rada Etyki Mediów zaapelowała do zarządu TV Polsat, Tomasza Lisa oraz kompetentnych władz o „jednoznaczne oświadczenia informujące opinię publiczną o przyczynach i okolicznościach zaistniałej sytuacji”. Wraz z Lisem z pracy w Polsacie zrezygnowała Hanna Lis, jego ówczesna partnerka życiowa, późniejsza żona, również pracująca w redakcji Wydarzeń.
Niedługo po zakończeniu pracy w Polsacie w 2007 rozpoczął emisję programu Co z Polską? dla portalu Gazeta.pl. W latach 2007–2009 był stałym felietonistą działu Opinie dziennika „Polska The Times”. Równocześnie od 25 lutego 2008 zaczął prowadzić w TVP2 cotygodniowy program Tomasz Lis na żywo, powracając tym samym do telewizji publicznej po 11 latach pracy w telewizjach komercyjnych. Produkcją odcinków tego programu zajęła się jego firma Tomasz Lis Deadline Productions.