W latach 1997–2002 sześciu pracowników Instytutu Matematyki realizowało 12 grantów badawczych Komitetu Badań Naukowych (A. Dąbrowski, J. Kędra, P. Krasoń, J. Milewski, G. Sklyar, M. Wieczorek). G. Sklyar i V. Korobov brali udział w międzynarodowym programie naukowym NATO Linkage Grant (wspólnie z uniwersytetami w Darmstadt, Bayreuth, Charkowie). Ponadto uzyskano ponad 20 grantów indywidualnych (staże zagraniczne).
W skład Instytutu Matematyki wchodzi 7 zakładów tematycznie odpowiadających kierunkom badań uprawianych w Instytucie (oraz dwie pracownie – informatyki i dydaktyki matematyki): Zakład Algebry Zakład Analizy Matematycznej Zakład Analizy Zespolonej Zakład Analizy Nieliniowej Zakład Geometrii i Topologii Zakład Sterowania i Optymalizacji Zakład Teorii Liczb