Zakon zwrócił ją Danii za okupem dopiero w 1408, w obliczu zbliżającej się konfrontacji z Polską i Litwą.
thumb|left|Koronacja Eryka Pomorskiego na króla Unii
Sukcesy polityczne Małgorzaty przyniosły w Skandynawii długo oczekiwaną stabilizację. Królowa, chcąc zapewnić trwały pokój między trzema państwami, zorganizowała w 1397 zjazd delegatów królestw w Kalmarze, na którym podpisano unię kalmarską. W rzeczywistości były to dwa dokumenty: list koronacyjny i list unijny. Pierwszy z nich stwierdzał, że państwa skandynawskie będzie łączyć osoba dziedzicznego władcy. List unijny, podpisany zaledwie przez 17 delegatów, zapewniał niezależność prawną królestw, a także potwierdzał „wieczysty” sojusz i wspólną politykę zagraniczną trzech królestw. W Kalmarze na króla unii został koronowany Eryk Pomorski. Jednak rządy wciąż sprawowała Małgorzata, nawet po osiągnięciu przez Eryka pełnoletniości w 1401. Królowa umacniała pozycję monarchy we wszystkich trzech królestwach. Nie zwoływała przedstawicielstw stanowych, a opróżnionych stanowisk państwowych nie obsadzała nowymi ludźmi otaczając się zaufanymi doradcami, często pochodzącymi z nizin społecznych. Troszczyła się również szczególnie o powiększenie dochodów skarbowych. Jej rządy przyniosły stabilizację, ale także hegemonię Danii w unii.