O ile w słabej Norwegii, gdzie miejscowa arystokracja stopiła się z duńską, nie budziło to oporu, o tyle w Szwecji nie podobało się obsadzanie stanowisk kościelnych i państwowych przez Duńczyków. Jednak zręczna i pojednawcza polityka Małgorzaty wobec szwedzkiej rady królewskiej i umocnienie pozycji królestw wobec Hanzy umożliwiło utrzymanie pokoju. Dopiero po jej śmierci, w 1412, nieudolne rządy jej następców miały doprowadzić do rozkładu dzieła politycznego królowej. thumb|Sarkofag Małgorzaty I w katedrze w Roskilde.
Śmierć Małgorzata zmarła nagle na swym statku w porcie we Flensburgu. Została pochowana w katedrze w Roskilde, starej stolicy Danii. Jej sarkofag w 1423 wykonał lubecki rzeźbiarz Johannes Junge. Katedra w Roskilde otrzymała od Małgorzaty hojne nadania pod warunkiem regularnego odprawiania mszy za jej duszę. Po wprowadzeniu w Danii, w 1536, reformacji zwyczaju tego zaniechano – jednak do dziś specjalny dzwon katedry dwa razy dziennie przypomina pamięć wielkiej królowej całej Skandynawii.