Składa się ono z dwunastu rozpraw o zasadniczych kwestiach, które nurtują człowieka religijnego i filozofa. Autor podaje i porównuje odpowiedzi mądrości pogańskiej i religii objawionej. Starożytni pisarze (Tacyt, Swetoniusz, Julian Apostata) uważali chrześcijaństwo za chorobę polegającą na bezbożności i zabobonie. Teodoret z kolei dowodzi, że to właśnie poganie są chorzy na zarozumiałość: oni potrzebują leczenia; zbyt zadufani w wartość filozofii nie dostrzegają jedynej prawdy objawionej; akcentuje wyższość Ewangelii nad filozofią grecką. Odpiera więc tradycyjne zarzuty kierowane pod adresem chrześcijaństwa. Dzieła egzegetyczne stanowią objętościowo najważniejszą część spuścizny Teodoreta. Zachowały się komentarze do: Pieśni nad Pieśniami, Psalmów, wszystkich proroków: Daniela, Ezechiela, Jeremiasza, Izajasza. Z Nowego Testamentu zachował się jedynie komentarz do czternastu Listów św. Pawła. Wszędzie krytykował swoich poprzedników, którzy jego zdaniem zbytnio ulegali wpływom egzegezy żydowskiej. Historia Kościoła, napisana na wzór Euzebiusza z Cezarei. Autor rozpoczyna od okresu, na którym się zatrzymał Euzebiusz. W pięciu księgach przedstawione są lata od 323 do 428, w znacznej części są to dzieje sporów ariańskich. Autor zdradza nastawienie antyheretyckie i apologetyczne.