Do gry po kontuzji powrócił w wygranym 3:0 meczu z West Bromwich Albion, wchodząc na murawę w 72. minucie. Na początku listopada Torres przyznał, że chciałby przed zakończeniem kariery powrócić do Atlético. 26 listopada w wygranym 1:0 meczu Ligi Mistrzów z Olympique Marsylia doznał urazu ścięgna, która miała go wykluczyć z gry na okres od dwóch do czterech tygodni. 2 grudnia w plebiscycie France Football na najlepszego piłkarza Europy roku 2008 zajął trzecie miejsce, ustępując Leo Messiemu i zwycięzcy Cristiano Ronaldo. Następnie Torres został nominowany do nagrody Piłkarza Roku FIFA. W plebiscycie tym zajął ostatecznie trzecie miejsce, ustępując tak samo jak w przypadku Złotej Piłki Leo Messiemu i zwycięzcy Cristiano Ronaldo. 3 stycznia 2009 powrócił do gry po kontuzji, kiedy to wystąpił w wygranym 2:0 spotkaniu Pucharu Anglii z Preston North End, i zdołał zdobyć swoją pierwszą bramkę w rozgrywkach, ustanawiając w 93. minucie wynik meczu. 1 lutego w wygranym 2:0 meczu z Chelsea Torres zdobył obydwie bramki dla swojego zespołu. Mimo iż półtora roku w klubie, Torres znalazł się na 50. miejscu na liście 50 najlepszych graczy Liverpoolu według The Times.
thumb|Torres podczas meczu z Manchesterem City, 5 października 2008