Hiszpan obiecująco rozpoczął sezon 2008/2009, strzelając gola w wygranym 1:0 wyjazdowym spotkaniu z Sunderlandem. 31 sierpnia 2008 zerwał ścięgna podkolanowego w zremisowanym 0:0 meczu z Aston Villą, która miała go wykluczyć z gry na trzy tygodnie. Na boisko powrócił 16 września, występując w wygranym meczu z Olympique Marsylia w Lidze Mistrzów. 27 września zdobył dwie bramki w wygranych 2:0 derbach Merseyside. Następnie wygranym 3:2 meczu z Manchesterem City strzelił dwa gole, przy czym pierwszy z nich był 1000 bramką zdobytą przez Liverpool w Premier League od momentu założenia tej ligi w 1992 roku. 22 października Liverpool rozegrał mecz z byłym klubem Torresa, Atlético w ramach rozgrywek grupowych Ligi Mistrzów na Vicente Calderon, jednak kontuzja więzadła Hiszpana, której doznał w meczu reprezentacji Hiszpanii z Belgią uniemożliwiła mu grę w spotkaniu. 27 października został wybrany do najlepszej drużyny sezonu 2007/08 według FIFPro.