Historia Zachęty sięga 1860, kiedy w Królestwie Polskim powstało Towarzystwo Zachęty Sztuk Pięknych. Początkowo celem Towarzystwa było organizowanie wystaw, zakup dzieł sztuki do kolekcji narodowej i udzielanie pomocy młodym artystom. Obecna siedziba Zachęty, zaprojektowana przez Stefana Szyllera, wzniesiona dzięki wysiłkom Towarzystwa i hojności społecznej, stała się jednym z głównych warszawskich ośrodków sztuki, promującym nowe malarstwo. Budowę siedziby rozpoczęto we wrześniu 1898, natomiast oficjalnego otwarcia dokonano 15 grudnia 1900.
20-lecie międzywojenne 16 grudnia 1922 w pałacu Zachęty został zamordowany pierwszy prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Gabriel Narutowicz.
II wojna światowa thumb|Niemiecka grabież zbiorów Zachęty, 1944 Podczas oblężenia Warszawy w 1939 płonęły sąsiednie budynki (kościół ewangelicko-augsburski oraz gimnazjum im. M. Reja), jednak gmach TZSP ocalał, choć doznał pewnych uszkodzeń. W czasie oblężenia Warszawy z budynku nie ewakuowano zbiorów, co więcej – nie przeniesiono ich nawet do piwnic gmachu. Spadające pociski przebijały dach i wybuchały w salach wystawowych, niszcząc wiszące na ścianach obrazy. Jedynym dziełem wywiezionym z "Zachęty" w czasie kampanii wrześniowej była znajdująca się tam wówczas "Bitwa pod Grunwaldem" Jana Matejki.