Najwyższa Izba Kontroli (NIK), którą kierował wówczas Lech Kaczyński, stwierdziła, że odpowiedzialność za nieprawidłowo prowadzoną operację ponoszą wspólnie: kierownictwo banku, KPW, kierownictwo Giełdy oraz urzędnicy Ministerstwa Finansów. W tym samym roku komisja sejmowa ds. sprzedaży akcji odrzuciła większość zarzutów, nie znalazła dowodów na istnienie listy nabywców powiązanych politycznie, uznała, że cena emisyjna została ustalona prawidłowo i że wartość akcji banku nie została zaniżona.
Według ustaleń NIK, Ministerstwo Finansów ustaliło zbyt niską cenę emisyjną (500 tys. zł wobec ceny sesyjnej wynoszącej 6 mln 750 tys. zł) i schłodziło rynek, sprzedając 95 proc. pozostałych akcji Skarbu Państwa po ustalonych cenach; kilku urzędników zaprzeczyło celowym manipulacjom. Ekonomista poproszony o ponowne rozpatrzenie sprawy doszedł do wniosku, że cena emisyjna została ustalona właściwie. W 1995 roku przewodniczący komisji sejmowej stwierdził, że „nie było żadnej afery Banku Śląskiego”. Prywatyzacja była przedmiotem postępowań prokuratorskich i procesów karnych, które nie zakończyły się wyrokami skazującymi, a także niezależnych audytów KPW, NIK oraz innej sejmowej Komisji ds. banków i nadzoru bankowego, działającej w latach 2006–2007.