W 1990 roku, w konsekwencji postanowień „Ustawy o samorządzie terytorialnym”, nastąpił podział bibliotek publicznych na państwowe (wojewódzkie) i samorządowe (miejskie, gminne i miejsko-gminne). W 1993 roku zarządzeniem wojewody krakowskiego biblioteka przyjęła nazwę Wojewódzkiej Biblioteki Publicznej w Krakowie i otrzymała nowy statut, a w 1996 przeniosła siedzibę na ulicę Rajską. W 1999 roku biblioteka stała się instytucją samorządową – centralną biblioteką publiczną dla województwa małopolskiego.
Dyrektorem WBP w Krakowie od 2011 roku jest Jerzy Woźniakiewicz. Wcześniej funkcję tę pełnili: Anna Wiśniewska (p.o. dyrektor), Artur Paszko, Jacek Wojciechowski, Józef Zając, Jan Malec, Władysław Wolski, Józef Korpała.
W 2025 odznaczona Brązowym Medalem „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”, w dziedzinie bibliotekarstwo.
Działalność Wojewódzka Biblioteka Publiczna w Krakowie gromadzi, opracowuje i udostępnia zbiory, a także sprawuje nadzór merytoryczny nad siecią samorządowych bibliotek publicznych w Małopolsce.