jedna para połączeń z/do Kołobrzegu, jedna para z/do Zakopanego, jedna para z/do Rzeszowa Głównego; IC/TLK: Gdynia Główna–Kraków Główny–Zakopane/Krynica-Zdrój; IC: Olsztyn Główny–Warszawa Wschodnia–Kraków Główny; IC: Gdynia Główna–Bydgoszcz Główna–Kraków Główny–Zakopane; IC: Szczecin Główny–Poznań Główny–Łódź Widzew–Kraków Główny; EIC/IC: Przemyśl Główny–Kraków Główny–Wrocław Główny–Ustka/Kołobrzeg/Świnoujście/Szczecin Główny/Berlin Hbf/Zielona Góra Główna/Leipzig Hbf; IC: Kraków Główny–Lublin Główny przez Kielce i Radom oraz przez Rzeszów; IC: Kraków Główny–Bielsko-Biała Główna przez Chrzanów; IC: Kraków Główny–Zagórz; IC: Kraków Główny–Hrubieszów Miasto; IC: Kraków Główny–Jelenia Góra przez Nysę; TLK: Zakopane–Kraków Główny–Poznań Główny–Szczecin Główny przez Kluczbork.
Ponadto istnieją połączenia nocne: TLK Karpaty: Gdynia Główna–Kraków Główny–Zakopane/Krynica-Zdrój przez Warszawę; TLK Ustronie: Kołobrzeg–Kraków Główny przez Gdynię, Warszawę, Kielce; IC Przemyślanin: Świnoujście/Ustka–Poznań Główny–Kraków Główny–Zakopane/Przemyśl Główny przez Łódź; IC Ursa: Berlin Hbf/Świnoujście–Poznań Główny–Przemyśl Główny przez Wrocław.