Skomunikowanie W tunelu pod stacją przebiega linia Krakowskiego Szybkiego Tramwaju, z przystankiem bezpośrednio pod halą dworca. Po zachodniej i wschodniej stronie stacji zlokalizowane są przystanki tramwajowe i autobusowe krakowskiej komunikacji miejskiej, a od strony wschodniej – dworzec autobusowy obsługujący połączenia międzymiastowe i międzynarodowe (Małopolski Dworzec Autobusowy). Całość tworzy zintegrowany węzeł przesiadkowy Krakowskiego Centrum Komunikacyjnego.

Połączenia kolejowe Stacja Kraków Główny obsługuje pociągi dalekobieżne PKP Intercity (IC, TLK, EIC, EN), pociągi regionalne Polregio i Kolei Małopolskich oraz pociągi komercyjne (m.in. RegioJet, który od 2025 roku uruchomił codzienne połączenia m.in. do Warszawy i Gdyni).

Połączenia krajowe Główne trasy krajowe obejmują codzienne połączenia IC i TLK do Warszawy, Wrocławia, Gdyni, Poznania, Szczecina, Zakopanego, Przemyśla oraz Kołobrzegu. Trasy dalekobieżne z Krakowa, na których są dostępne co najmniej 2 pary połączeń dziennie, obejmują: EIP: Gdynia Główna–Warszawa Wschodnia–Kraków Główny;