Jednak Hong Taiji nie zdołał spełnić swoich zapowiedzi. Na przełomie lat 30. i 40. XVII wieku jego poddani ucierpieli z powodu złych zbiorów, co znacznie osłabiło państwo Qing. Natomiast chorągwie poczyniły niewielkie postępy w walce z chińskim generałem Wu Sangui, którego siły strzegły przejścia przez przełęcz Shanhai, ostatniej przeszkody przed podejściem pod Pekin. Wśród przyzwyczajonych do ciągłych sukcesów Mandżurów morale spadło dramatycznie. Hong Taiji zmarł we wrześniu 1643 roku. Następcą został jego pięcioletni syn Fulin (cesarz Shunzhi 1643–1661), a regentem brat Hong Taiji, Dorgon.
Mandżurski podbój Chin thumb|Chiny w początkach panowania dynastii Qing – zaznaczono terytoria zajmowane przez chłopskich buntowników, Li Zichenga (zm. 1645) i (zm. 1647) oraz pretendentów do tronu z W czasie poprzedniej dekady Chińczycy zostali dotknięci przez takie klęski jak głód, epidemia czy powódź w stopniu znacznie większym niż Mandżurowie. Nie mogąc się doczekać pomocy ze strony państwa zdesperowani chłopi przeistoczyli się w buntowników. Najważniejszy z przywódców rebeliantów, Li Zicheng, w 1644 zdobył Pekin i po śmierci ostatniego władcy dynastii Ming ogłosił się cesarzem nowej dynastii Shun.