W 2008 otrzymał Orła w kategorii osiągnięcia życia (przyznawane za całokształt). W 2010 został uhonorowany nagrodą honorową na Nowojorskim Festiwalu Filmów Polskich. 7 kwietnia 2011 odsłonił swoją gwiazdę w Alei Gwiazd na ulicy Piotrkowskiej w Łodzi.
Został członkiem komitetu poparcia Bronisława Komorowskiego przed przyspieszonymi wyborami prezydenckimi 2010.
Zmarł 6 września 2011 w Warszawie, pochowany 12 września 2011 w Alei Zasłużonych cmentarza Wojskowego na Powązkach (kwatera A29-tuje-8)Wyszukiwarka cmentarna - Warszawskie cmentarze. W uroczystościach uczestniczyli m.in. prezydent Bronisław Komorowski, minister kultury Bogdan Zdrojewski, Roman Polański oraz wielu ludzi filmu i przyjaciół artysty. W ostatniej drodze towarzyszyła mu muzyka Krzysztofa Komedy z filmu Do widzenia, do jutra i Andrzeja Kurylewicza z serialu Polskie drogi. mały|Grób Janusza Morgensterna na warszawskich Powązkach Wojskowych w 2011 r. mały|Grób reżysera w 2023 r., widoczne jego zdjęcie oraz na poziomym kamieniu nagrobnym - lista filmów