Po powrocie ekipy z ZSRR do Polski rozpoczęto intensywne prace nad zdjęciami w kraju. Realizowano je między innymi pod Łodzią, w Sulejowie, Krakowie, Pieskowej Skale i Puszczy Niepołomickiej. Zimą na przełomie 1972 i 1973 roku dokończono zdjęcia w Częstochowie i Zakopanem. W maju 1973 roku, po 535 dniach zdjęciowych, zakończono realizację filmu. Następnie poddano go montażowi i udźwiękowieniu. Muzykę do Potopu skomponował Kazimierz Serocki, synchronizując ścieżkę dźwiękową z akcją filmu. Muzyka została nagrana w ciągu dwóch dni w sali łódzkiej wytwórni. Pełny materiał filmowy został znacznie okrojony; film trwa nieco ponad 5 godzin. Według Hoffmana całość zrealizowanego materiału trwałaby około 20 godzin projekcji. Uroczysta premiera Potopu odbyła się 2 września 1974 roku.
Łącznie w filmie wystąpiło 400 aktorów. Do zdjęć przygotowano 23 tys. kostiumów, a przy realizacji użyto kilkadziesiąt tysięcy metrów barwnej taśmy filmowej.