1953–1999 W roku 1953 majątek Polskiej Akademii Umiejętności został skonfiskowany. Biblioteka została przejęta przez nowo utworzoną Polską Akademię Nauk. W okresie PRL działała jako Biblioteka PAN w Krakowie. W tym czasie kontynuowano prace nad katalogowaniem zbiorów (m.in., od 1962 r., systematycznie ukazywały się kolejne tomy Katalogu Rękopisów, a od 1987 r. Katalogu Rycin) oraz rozpoczęto, z inicjatywy Biblioteki Narodowej, mikrofilmowanie zbiorów rękopiśmiennych.
W roku 1989, po reaktywacji Polskiej Akademii Umiejętności, instytucja ta podjęła starania o odzyskanie swej dawnej własności. 20 października 1999 roku, po pertraktacjach, podpisane zostało porozumienie o utworzeniu placówki pod nazwą: Biblioteka Naukowa Polskiej Akademii Umiejętności i Polskiej Akademii Nauk w Krakowie.