2000- W XXI w. Biblioteka Naukowa Polskiej Akademii Umiejętności i Polskiej Akademii Nauk w Krakowie zajmuje się gromadzeniem, opracowaniem i udostępnianiem zbiorów, opieką nad Gabinetem Rycin PAU oraz zbiorami specjalnymi. W 1991 rozpoczęto katalogowanie elektroniczne nowych książek, sukcesywnie prowadzone są też prace retrospektywne katalogujące książki XIX- i XX-wieczne. Od 2011 do katalogu elektronicznego wprowadzane są również stare druki. Kontynuowane są też prace nad katalogami rękopisów i rycin. Biblioteka zajmuje się też działalnością wydawniczą, wystawienniczą i digitalizacyjną, które mają popularyzować jej zbiory.
Zbiory Czasopisma i książki XIX-XXI w. Od 1856 Biblioteka gromadzi dzieła z zakresu nauk humanistycznych i przyrodniczych. Wśród zbiorów Biblioteki znajduje się także kompletny zasób wydawnictw jej macierzystych instytucji: Towarzystwa Naukowego Krakowskiego, Akademii Umiejętności i Polskiej Akademii Umiejętności oraz krakowskiego oddziału Polskiej Akademii Nauk. Uzupełniają ją monografie ze wszystkich dziedzin wiedzy, gromadzone dzięki darom członków i członków korespondentów. Aktualnie (stan na koniec 2017 r.) Biblioteka posiada 213 345 wol. wydawnictw zwartych i 347 672 wol. wydawnictw ciągłych.