Kolekcję uzupełniają zespoły grafiki polskiej, czeskiej, rosyjskiej, hiszpańskiej i szwajcarskiej z XVI-XIX wieku.
Zbiory Specjalne W Zbiorach Specjalnych biblioteki są gromadzone, opracowywane i udostępniane rękopisy, dyplomy pergaminowe, fotografie, pocztówki, stare druki, mapy, atlasy i druki ulotne.
Rękopisy Gromadzenie rękopisów rozpoczęło Towarzystwo Naukowe Krakowskie od 1856 roku, z chwilą odłączenia się od Uniwersytetu Jagiellońskiego i założenia własnej biblioteki. Na ukształtowanie właściwego zasobu w dużym stopniu wpłynęły inicjatywy kolekcjonerskie i wystawiennicze Towarzystwa oraz ranga naukowa i ogólnopolski zasięg oddziaływania późniejszej Akademii Umiejętności, skutkujące licznym napływem darów rękopiśmiennych, nie tylko z Galicji, ale i z pozostałych dwóch zaborów. Darowizny do czasów obecnych pozostają głównym źródłem powiększania zasobu, co sprawia, że jest on dość różnorodny. Tworzą go m.in.: źródła do historii politycznej, gospodarczej, społecznej, Kościoła, prawa, literatury, teatru, sztuki i muzyki ze szczególnym uwzględnieniem cracovianów i Małopolski.