Zbiór rękopisów liczy ponad 16 608 jednostek rękopiśmiennych (stan na koniec 2017). Zapoczątkowały go kolekcje rękopisów XIX-w. badaczy (m.in. Jana Wincentego Smoniewskiego, Michała Konarskiego, Ferdynanda Kojsiewicza, Ambrożego Grabowskiego, Cypriana Walewskiego, Jana Ambrożego Wadowskiego, Franciszka Paszkowskiego, Bolesława Ulanowskiego i Hieronima Łopacińskiego) oraz spuścizny uczonych, literatów, polityków, czy artystów (m.in. Joachima Lelewela, Jana Chrzciciela Albertrandiego, Jerzego Samuela Bandtkiego, Teofila Lenartowicza, Antoniego Zygmunta Helcla, Józefa Majera, Oskara Kolberga, Hanny Rudzkiej-Cybisowej, Józefa Hieronima Retingera, Jana Fijałka, Bronisława Piłsudskiego, czy Jana Łosia oraz archiwa rodzinne: Chodkiewiczów, Czartoryskich, Jabłonowskich, Lubomirskich, Łubieńskich, Ossolińskich, Poniatowskich, Potockich, Rzewuskich, Sapiehów, Szembeków, Tyszkiewiczów, Walewskich, Wiśniowieckich, Załuskich).