W roku 1939, w obliczu nadciągającej wojny został wywieziony do Francji, a niedługo potem do Ottawy w Kanadzie, skąd został ponownie sprowadzony do Polski w roku 1959. Od początku lat 60. XX wieku przechowywany w zbiorach specjalnych Biblioteki Narodowej w Pałacu Krasińskich (Pałacu Rzeczypospolitej), skąd trafił do nowego skarbca Biblioteki Narodowej przy al. Niepodległości.
Manuskrypt został wpisany na Listę Krajową Programu UNESCO Pamięć Świata w 2024 roku.
Wydania Pierwsze wydanie psałterza na podstawie oryginału miało miejsce w 1834 w Wiedniu staraniem polskiego wydawcy Stanisława Jana Borkowskiego. Zostało ono nazwane Psałterzem królowej Małgorzaty, ponieważ Borkowski uznał, że Ludwik Węgierski zlecił przygotowanie tego psałterza dla swojej małżonki Małgorzaty. Wydanie to zawierało tylko tekst psalmów po polsku.
W 1883 Władysław Nehring wydał polski tekst w publikacji zatytułowanej Psalterii Florianensis partem polonicam ad fidem codicis.