Podczas kariery w Anglii dostał swoją jedyną czerwoną kartkę w rozgrywkach ligowych, była to podwójna żółta kartka w potyczce z Blackburn Rovers. W wieku zaledwie 29 lat zakończył karierę piłkarską.
Kariera reprezentacyjna Początki Nakata zadebiutował w seniorskiej reprezentacji 1997 roku w maju z Koreą Południową. Przedtem wielokrotnie występował w drużynach młodzieżowych. Pierwszym ważnym wydarzeniem w reprezentacji były igrzyska olimpijskie w 1996 roku, wystąpił we wszystkich meczach fazy grupowej także w tym wygranym z Brazylią, który jest nazywany przez Japończyków cudem w Miami. Kariera w kadrze narodowej zaczęła się w 1997 roku. Tego roku zadebiutował przeciwko Korei Południowej.
Mistrzostwa świata we Francji Po świetnych występach eliminacyjnych, Nakata został powołany do kadry Japonii na mundial we Francji. Japonia odpadła z grupy przegrywając wszystkie trzy mecze i zdobywając tylko jedną bramkę. Było to wielkie rozczarowanie. Nakata zaprezentował się jednak z dobrej strony, rozegrał wszystkie możliwe minuty. Pokazał dobrą grę. Podczas meczu z Chorwacją w jednej akcji wywalczył piłkę i zagrał fantastyczne otwierające długie podanie do kolegi z drużyny. Jego kolega nie wykorzystał jednak szansy sam na sam.