Mistrzostwa świata w Korei Południowej i Japonii Hidetoshi podczas mundialu w swoim kraju był najważniejszą postacią ze względu na swoje osiągnięcia we Włoszech. W pierwszym meczu Japonia zremisowała z Belgią 2-2. Kolejny mecz z Rosją zakończył się zwycięstwem. W ostatnim meczu grupy Japończycy zwyciężyli 2-0, w 48 minucie na listę strzelców wpisał się Morishima, w 75 minucie Daisuke Ichikawa po imponującej akcji indywidualnej wrzucił do Nakaty, a ten mocnym strzałem głową pokonał bramkarza. Został on wybrany zawodnikiem meczu. Japonia wychodząc pewnie z grupy, z pierwszego miejsca musiała zmierzyć się ze świetnie grającą Turcją. Już w 12 minucie Davala zdobył bramkę. Mecz był bardzo wyrównany, Japonii jednak nie udało się zdobyć gola przeciwko bardzo stabilnej defensywie tureckiej. Turcja niespodziewanie zajęła 3. miejsce turnieju. Japończycy pokazali wysoki poziom w całym turnieju. Nakata został wybrany do rezerw drużyny turnieju.