Przeor klasztoru Santa Maria della Grazie miał poganiać artystę, by ukończył postacie Judasza i Jezusa. Niezadowolony z dalszych prac złożył skargę księciu Ludwikowi Sforzy. Leonardo miał odpowiedzieć władcy, że ma problemy ze znalezieniem modela dla Judasza, jednak jeśli nie znajdzie lepszej, nada apostołowi rysy twarzy przeora. Księcia rozbawiła ta odpowiedź, a przeor odszedł niezadowolony. Vasari historię zaczerpnął z wydanego w 1554 roku Discorsi Gianbattisty Giraldiego Cintii, któremu anegdotę przytoczył jego ojciec Cristoforo Giraldi, znający osobiście malarza. W zachowanej relacji Giraldiego Leonardo przystępując do prac myślał głównie nad prezentacją postaci. Po znalezieniu osoby, która mogłaby stanowić model postaci, Leonardo śledził daną osobę oraz opisywał ją w podręcznym notatniku. Szukając modela do postaci Judasza Leonardo udawał się do Barghetto, miejscowości zamieszkanej przez przestępców. Modela do postaci Jezusa poszukiwał głównie wśród arystokratów. Według anegdoty myśląc nad postacią Jezusa Leonardo zwrócił się o pomoc do Barnardina Zenalego. Ten uznał, że twarze apostołów Filipa i Jakuba Starszego były zbyt piękne. Ostatecznie Chrystus otrzymał twarz nieznanego młodego hrabiego, związanego z kardynałem del Mortaro.