Ręce Chrystusa należały do Alessandra z parmeńskiej rodziny Carissimich.
Leonardo da Vinci pracował nad obrazem w asyście pomocników i uczniów. Prawdopodobnie byli to m.in. Marco d’Oggiono, Giacomo Caprotti i Tommaso Masini. Przygotowywali oni m.in. studia do postaci.
Leonardo da Vinci posłużył się nietypową techniką, która okazała się nietrwała. Przed rozpoczęciem malowania położono warstwę tynku, będącą podłożem do fresku. W środkowej części obrazu położono tynk z grubszego ziarna, zapewniający lepszą przyczepność warstwom farby. Leonardo nanosił bezpośrednio na tynk szkice, w celu zaznaczenia brył kompozycji. Leonardo rozpoczął malowanie sceny głównej, rozpoczynając od lewej strony. Wielokrotnie nanosił poprawki (m.in. zmienił ułożenie palców Chrystusa, które początkowo były bardziej wyprostowane).
Malując obraz Leonardo wykorzystał swoją wiedzę na temat m.in. Biblii, psychologii, fizjonomii i anatomii, geometrii, optyki, rytmu, teatralności, muzykalności, kosmologii.
Dzieło zostało ukończone 9 lutego 1498 roku.